東京大学大学院理学系研究科附属植物園、東京大学の教育実習施設。日本でもっとも古い植物園。世界でも有数の歴史を持つ植物園の一つ。前身は、約320年前の貞享元年(1684)に徳川幕府が設けた｢小石川御薬園｣。 明治10年、東京大学が設立された直後に附属植物園となり一般にも公開されてきた。 面積は161,588m2（48,880坪）で、台地、傾斜地、低地、泉水地などの地形を利用して様々な植物が配置されている。 日本の近代植物学発祥の地。 国の史跡および名勝に指定されています。
Newtonの生家のリンゴの木は接ぎ木で1964年英国物理学研究所所長サザーランド卿から日本学士院長 柴田雄次博士に贈られたもの。
遺伝学の基礎を築いたG. J. Mendel (1822-1884)が実験に用いた葡萄の分株。
1896年(明治29年)東京農科大学助教授の池野誠一郎博士が、裸子植物のソテツに精子が存在することを明らかにした。
この株は、池野博士が研究に用いた鹿児島市に現存する株の分株。
園内地図丸印の位置にあるイチョウは、職員であった平瀬作五郎によって精子が発見されたことで特に有名。イチョウには雄株・雌株があり、精子が発見された株は、なんと雌株なのです。秋にはギンナンがたくさん実ります。
アカガシワ
エンジュ
ハンノキ
ヒメグルミ
ヒメグルミの実
ヒメシャラ
コノテガシワ 
皇帝ダリア
大島桜
カラスウリの実
マルバチシャノキの実 
